Il cantiere di scavo delle Navi Antiche è ubicato alla periferia di Pisa, nell'area dello scalo ferroviario di S. Rossore, a circa 500 metri in linea d'aria alla famosa Piazza dei Miracoli con la Torre pendente.L'ingresso del cantiere è ubicato sul proseguo di via Andrea Pisano; recentemente il tratto di strada è stato rinominato "via Ranuccio Bianchi Bandinelli", in omaggio al grande archeologo del nostro secolo, scomparso nel 1975.Il cantiere attuale occupa un area di mq 10.650 di cui mq 3.500 interessati dalla scavo vero e proprio, ad una profondità variabile tra m - 5,50 e m - 9,00 sotto il piano di campagna. L'area coperta dalle attrezzature prefabbricate di servizio (ingresso, foresteria, centro accoglienza e direzionale etc.) è di circa mq 500, mentre i laboratori di primo intervento ed il Centro di Restauro del Legno Bagnato occupano mq 1.700. A fianco del cantiere, lungo il lato ovest, si estende un'area sottoposta a vincolo archeologico di circa mq. 10.000, ancora da esplorare.L'attuale configurazione consta di tre poli attigui che permettono di continuare l'attività di scavo, lo studio ed il trattamento dei campioni ed il restauro in loco dei reperti; nello stesso tempo dal 15 dicembre 2005 è assicurata al pubblico la possibilità di poter seguire (mediante visite guidate) lo svolgimento delle operazioni durante le varie fasi.Tutto ciò in attesa della realizzazione del Museo delle Navi di Pisa che ospiterà, tra l'altro, le navi restaurate.